姓名：阮航

阮航博士于2004~2011年在南京大学分别获得生物学学士学位，生态学硕士学位；2011~2014年在北京诺禾致源从事生物信息软件研发工作，接受系统计算科学专业训练；2014~2017年在复旦大学，师从华人遗传学家谷迅（Xun Gu）进行比较转录组学研究，获得生物信息学博士学位；2017~2020年在美国得州大学休斯敦健康科学中心从事博士后研究工作，聚焦于癌症多组学大数据研究，合作导师韩冷（Leng Han）教授；2020年12月加盟苏州大学生物医学研究院，任教授。

阮博士在工业界和国内外学术界长期从事生物信息学相关多学科交叉性研究，现主要研究方向为使用遗传统计学方法和人工智能技术进行免疫相关复杂疾病转录组等多组学大数据分析，为理解相关疾病的遗传基础、分子机制和诊断治疗提供数据参考。发表论文二十余篇，累计被引用超过2000次。

研究主要在以下两类科学问题：

1. 基于人工智能技术的比较转录组学方法开发与复杂疾病应用；

2. 转录后修饰和非编码 RNA在复杂疾病中的作用机制预测，数据分析和数据库构建。

代表性论文 (近五年):

Ruan, H.*, Wang, PC., & Han, L.* (2022). Characterization of circular RNAs with advanced sequencing technologies in human complex diseases. Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA, 14(1), e1759. (IF = 9.35)

Ruan, H.*, Li, Q., Liu, Y., Liu, Y., Lussier, C., ... & Han, L.* (2021). GPEdit: the genetic and pharmacogenomic landscape of A-to-I RNA Editing in cancers. Nucleic acids research, 50(D1), D1231-D1237. (IF = 16.974)

Hong, W.#, Ruan, H.#, Zhang, Z., Ye, Y., Liu, Y., Li, S., ... & Han, L.* (2020). APAatlas: decoding alternative polyadenylation across human tissues. Nucleic acids research, 48(D1), D34-D39. (IF = 16.974)

Ruan, H.#, Liao, Y.#, Ren, Z., Mao, L., Yao, F., Yu, P., ... & Wang, L.* (2019). Single-cell reconstruction of differentiation trajectory reveals a critical role of ETS1 in human cardiac lineage commitment. BMC biology, 17(1), 1-16. (IF = 7.432)

Ruan, H.#, Xiang, Y.#, Ko, J.#, Li, S.#, Jing, Y., Zhu, X., ... & Han, L*. (2019). Comprehensive characterization of circular RNAs in~ 1000 human cancer cell lines. Genome medicine, 11(1), 1-14. (IF = 11.113)

Gu, X.*, Ruan, H., & Yang, J. (2019). Estimating the strength of expression conservation from high throughput RNA-seq data. Bioinformatics, 35(23), 5030-5038. (IF = 6.932)

Yang, J.#, Ruan, H.#, Xu, W., & Gu, X*. (2019). TreeExp2: An Integrated Framework for Phylogenetic Transcriptome Analysis. Genome biology and evolution, 11(11), 3276-3282. (IF = 3.412)

Zhang, Z.#, Lee, J. H.#, Ruan, H.#, Ye, Y., Krakowiak, J., Hu, Q., ... & Han, L*. (2019). Transcriptional landscape and clinical utility of enhancer RNAs for eRNA-targeted therapy in cancer. Nature communications, 10(1), 1-12. (IF = 14.914)

Ye, Y., Hu, Q., Chen, H., Liang, K., Yuan, Y., Xiang, Y., ... & Han, L. (2019). Characterization of hypoxia-associated molecular features to aid hypoxia-targeted therapy. Nature metabolism, 1(4), 431-444. (IF = 13.510)

Ruan, H., & Han, L*. (2018). Regulatory RNA Editing Sites in Cancer: Prediction and Beyond. EBioMedicine, 27, 7-8. (IF = 8.143)

实验室学生：

博士生：翁晟慧 岳大勇

硕士生：杨昆朋 张飞虎 陈姿伊 孟玉锁 石晶晶 郭佳宝

本科生：彭丽红 苏李阳

毕业学生：王鹏程 杨心艺 余楠楠 桑宏涛 杨谨铭 黎灿成 马越 徐宇菲 

江苏省生物工程学会生物信息专委会委员。

江苏省免疫学会青工委委员。

Briefing in Bioinformatics, Genomics, Proteomics & Bioinformatics等期刊审稿人。

生物信息学，复杂疾病多组学，转录后修饰，单细胞转录组

江苏省生物工程学会生物信息专委会委员。

江苏省免疫学会青工委委员。

Briefing in Bioinformatics, Genomics, Proteomics & Bioinformatics等期刊审稿人。

生物学（博士，学位硕士）;

免疫工程（专业硕士）

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