侯德仁副教授现已发表学术专著《清代西北边疆史地学》（群言出版社2006年）和《乾隆御批通鉴（译注）》（中华书局2008年）2部，参编学术著作《中国文化概要》（人民出版社2008年）、《新国学三十讲》（凤凰出版社2011年）2部，在《清史研究》、《天津社会科学》、《南开学报》、《求是学刊》等刊物发表学术论文30篇。并且，他已独立主持完成第40期国家博士后科学基金项目、2009年度江苏省社科基金项目、2005年度江苏省教育厅高校哲学社会科学项目等多个科研项目。目前，他正在独立主持2010年度国家哲学社会科学基金项目，以及教育部全国高校古籍整理委员会古籍整理项目的研究工作。
