主要研究动物色素形成、蛋白质高效合成、生物钟、性别的分子调控机制及应用技术开发，研究抗生素筛选、抗病和增强免疫力的活性成分筛选、代谢性疾病先导化合物的发现以及药物的毒理研究等无脊椎模式动物家蚕作为模式生物的关键科学问题。近年承担的主要研究项目：
（1）国家自然科学基金，基于昼夜节律钟基因Period敲除突变体家蚕的生物钟与内分泌激素协同调控滞育的机制研究（32172794），2022-2025（项目主持人）
（2）国家自然科学基金，基于组织发育模型的转基因家蚕后部丝腺蛋白质合成和分泌效率的调控机制研究（31972625），2020-2023（项目主持人）
（3）国家自然科学基金，基于昼夜节律钟基因突变体的家蚕生物钟与滞育代谢的整合机制研究（31672492），2017-2020（项目主持人）
（4）国家自然科学基金，基于组织退化发育模型的家蚕丝腺高效丝蛋白质分泌功能的转化调控机制研究（31472149），2015-2018（项目主持人）
（5）国家自然科学基金，基于家蚕昼夜节律生物钟信号途径基因发掘的滞育诱导授时信号输入机制研究（31172264），2012-2015（项目主持人）
（6）国家863重大/主题项目课题，动物分子与细胞育种技术研究（2011AA100306），2011-2015(团队负责人)
（7）国家科技支撑计划，天然彩色茧家蚕新品种选育及蚕丝蛋白资源深加工关键技术研究与产业化开发（2007BAD72B01），2007-2010（课题主持人）
（8）国家自然科学基金，基于Ea4与Sod基因互作的滞育生物钟分子调控机制研究（30771632），2008-2010（项目主持人）
（9）国家自然科学基金，家蚕滞育生物钟蛋白质EA4的分子作用机理研究（30371086），2004-2006（项目主持人）
（10）国家973计划课题，家蚕生物工厂及基因组应用的拓展研究（2005CB121005），2005-2010（学术骨干）
（11）国家863重大项目课题，家蚕资源评价的分子基础及重要功能基因克隆研究（2004AA2Z1020），2004-2005（学术骨干）
（12）江苏省重大成果转化项目，家蚕天然彩色茧研发及产品产业化（BA2007074），2007-2010（项目共同主持人）
（13）江苏省重大科技支撑与自主创新专项引导资金项目，家蚕分子育种技术创新（BE2011327-1），2011-2014（项目主持人）
（14）江苏省重点研发计划项目，新功能丝蛋白生产家蚕新资源研制与优质、抗性品种培育（BE2015317），2015-2019（项目主持人）
（15）江苏省自然科学基金，以无脊椎模式动物家蚕为材料的实验动物替代研究（BK2011298），2012-2015（项目共同主持人）
（16）江苏省科技挂县强农富民计划，（江苏省财政厅苏财农[2009]44号，[2010]82号，[2011]65号，[2012]56号，[2013]15号, [2014]27号，[2015]35号，[2016]28号，[2017]53号,[2018]110号、；江苏省农业委员会（农业厅）苏农计[2009]44号，[2010]40号，[2011]52号，[2012]83号,[2013]33号，[2014]16号,[2015]34号,[2016]18号，[2017]22号；[2018]31号；2009-2019（项目主持人）
（17）江苏省渔业科技项目，优质中华绒螯蟹鉴别技术集成创新与应用（Y2017-5），2017-2019（首席专家）
(18）江苏省优势学科创新团队，创新丝蛋白纤维材料的分子遗传设计 2011-2018（团队负责人）
（19）江苏省产业技术研究院重点项目，高效集约化现代养蚕关键技术研究及产业化（SD1501），2015-2018（项目主持人）
（20）老挝国家科技部、江苏省产业技术研究院重大项目，中国-老挝绿色丝绸中心（3ZCY1801），2018-2020（项目主持人）